Ισραηλινοί κομάντος της ομάδας Shayetet 13 του ναυτικού, επεμβαίνουν με ελικόπτερα και ταχύπλοα και αναχαιτίζουν έξι εμπορικά και επιβατηγά πλοία της οργάνωσης «Στόλος Ελευθερίας της Γάζας», με προορισμό τη Γάζα και τη μεταφορά ανθρωπιστικής βοήθειας και υλικών ανοικοδόμησης στους Παλαιστινίους. Η οργάνωση αποτελούσε σύμπραξη μη κυβερνητικών οργανώσεων (κυρίως τουρκικών) για τα ανθρώπινα δικαιώματα αλλά συγκέντρωνε και άλλες μικροομάδες με ποικίλη ατζέντα και κίνητρα. Ενώ, υπήρχαν φήμες πως μεταξύ τους είχαν παρεισφρήσει εξτρεμιστικά στοιχεία και πράκτορες μυστικών υπηρεσιών.
Αν και το ισραηλινό ναυτικό εκτελούσε αποκλεισμό των παραλίων της Γάζας και είχε προειδοποιήσει σε κάθε επίπεδο πως θα εμπόδιζε την προσέγγιση του στολίσκου (ανάμεσα του και δύο ελληνικά πλοία), οι διοργανωτές απέπλευσαν με σκοπό -όπως δήλωσαν- να «σπάσουν τον αποκλεισμό».
Λίγο μετά τις 21:00 της 30ης Μαΐου οι ισραηλινές κορβέτες Sa’ar 5, INS Lahav και INS Hanit και η πυραυλάκατoς INS Nitzachon απέπλευσαν από τη Χάιφα με κατεύθυνση τον στολίσκο. Αφού τον συνάντησαν περί τις 23:00 και έκαναν αρκετές φωνητικές κλήσεις και ελιγμούς για να τον ανακόψουν, τελικά στις 04:30 ξεκίνησαν απόπειρες επιβίβασης στο μεγαλύτερο πλοίο, το τουρκικό MV Mavi Marmara.
Αμέσως, ομάδα 40 ατόμων από τους 590 επιβαίνοντες, απέκρουσε την αρχική προσπάθεια του ισραηλινού ταχυπλόου, με κανόνια νερού, εκσφενδονίζοντας αντικείμενα κάθε φύσης και σε μία περίπτωση μια χειροβομβίδα κρότου-λάμψης, ενώ έκοψαν τις ανεμόσκαλες αναρρίχησης με ηλεκτρικά πριόνια. Δεύτερη προσπάθεια με καταρρίχηση rappel από ελικόπτερο συνάντησε άγρια αντίσταση.
Οι Ισραηλινοί κομάντος χτυπήθηκαν με σιδηρολοστούς, ξύλα, αλυσίδες, εργαλεία ενώ, όταν ένας από αυτούς αφοπλίστηκε και οι Τούρκοι ακτιβιστές έκαναν χρήση του όπλου του, οι Ισραηλινοί απάντησαν με πυρά. Ως αποτέλεσμα, 9 Τούρκοι σκοτώθηκαν επιτόπου κι ένας ακόμα πέθανε από τα τραύματά του την επόμενη μέρα. Δέκα κομάντος και αρκετοί ακόμα επιβάτες τραυματίστηκαν αλλά η κρίση έληξε με την πλήρη επικράτηση των Ισραηλινών.
Τα υπόλοιπα πλοία σταμάτησαν, μεταφέρθηκαν με συνοδεία σε ισραηλινά λιμάνια και οι περισσότεροι επιβάτες απελάθηκαν. Αν και τα Ηνωμένα Έθνη και οι περισσότερες χώρες καταδίκασαν την ισραηλινή χρήση βίας, ο Τούρκος πρωθυπουργός Ερντογάν ανήγαγε το περιστατικό σε προσωπική σχεδόν βεντέτα με την κυβέρνηση του Ισραήλ.
Το περιστατικό θεωρείται κομβικό στην θραύση του Τουρκο-Ισραηλινού άξονα που είχε οικοδομηθεί σε ευρεία βάση τις προηγούμενες δεκαετίες και σηματοδότησε στροφή στην τουρκική εξωτερική πολιτική.
