Γαλλικά στρατεύματα αποβιβάζονται στην Κέρκυρα ξεκινώντας την περίοδο γαλλικής κατοχής των Ιονίων νήσων. Η κατάλυση της Γαληνοτάτης Δημοκρατίας της Βενετίας τον Μάϊο από τα νικηφόρα στρατεύματα του στρατηγού Ναπολέοντα Βοναπάρτη και η διάδοση των ιδεωδών της επανάστασης κλόνισαν τις παλιές βενετικές κτήσεις. Μεταξύ των οποίων ήταν και τα Επτάνησα αλλά και οι αντίπερα Ηπειρωτικές ακτές (Πάργα, Πρέβεζα, Βόνιτσα, Βουθρωτό).
Καθώς ο Ναπολέων ετοίμαζε ήδη την εκστρατεία στην Αίγυπτο, διείδε την στρατηγική αξία των Επτανήσων ως ενδιάμεσο σταθμό μεταξύ Γαλλίας και Αιγύπτου και διέταξε τον Κορσικανό στρατηγό Αντουάν Τζεντίλι, να τα καταλάβει.
Η αποστολή του Τζεντίλι ήταν εύκολη. Οι άμυνες της Κερκύρας ήταν ασθενείς, παρά τις προσπάθειες του τοπικού κυβερνήτη να τις ενισχύσει με την προσωπική του περιουσία, ενώ και ο ελληνικός πληθυσμός υποδέχθηκε τους Γάλλους σαν απελευθερωτές και εκπροσώπους της προόδου και του φιλελευθερισμού. Τα αισθήματα αυτά ενθαρρύνθηκαν με κάθε τρόπο από τους Γάλλους, που προπαγάνδιζαν μια νέα εποχή ελευθερίας, προόδου και αποτίναξης των παλιών καθεστώτων.
Στις 7 Ιουλίου, επιφανείς Έλληνες και Γάλλοι φύτεψαν συμβολικά το «δέντρο της Ελευθερίας» ενώ έκαψαν στην πυρά το λάβαρο της Βενετίας και το libro d’oro που κατέγραφε την αριστοκρατία της εποχής. Ακόμη, η ελληνική γλώσσα εμφανίστηκε σε δημόσια έγγραφα με την ένδειξη «Πρώτος Χρόνος της ελευθερίας των Γραικών».
Σταδιακά, όμως, η παρουσία των Γάλλων φαινόταν όλο και πιο καταπιεστική, καθώς είχαν εντολές να μετατρέψουν τα νησιά σε βάση ανεφοδιασμού για την εκστρατεία που θα ελάμβανε χώρα το επόμενο έτος. Τον Νοέμβριο, τα Επτάνησα θα ενσωματωθούν στην Γαλλία με τη συνθήκη του Καμποφόρμιο και Γάλλοι θα τεθούν επικεφαλής σε κάθε τομέα της δημόσιας ζωής. Ακολούθησε η ανάπτυξη καλών σχέσεων με τον Αλή πασά των Ιωαννίνων, που πρώτος προσέγγισε τους Τζεντίλι και Ναπολέοντα, εξασφαλίζοντας διευκολύνσεις ναυσιπλοΐας και ζητώντας και εκπαίδευση από Γάλλους πυροβολητές.
Η εκστρατεία στην Αίγυπτο θα ανατρέψει και αυτήν την ισορροπία, κάνοντας τον Αλή να συμμαχήσει και πάλι με τον σουλτάνο και να κλείσει ειρήνη με τους Σουλιώτες κι άλλα ανοιχτά μέτωπα που είχε, εν αναμονή σύγκρουσης με τους Γάλλους. Τελικά, ο σουλτάνος συμμάχησε με τους Ρώσους, που έστειλαν στρατό και στόλο υπό τον αντιναύαρχο Φιοντώρ Ουσακώφ, που μεταφέροντας Οθωμανικά στρατεύματα θα εκδιώξει τις γαλλικές φρουρές και θα εγκαταστήσει την βραχύβια αυτοδιοικούμενη «Επτανήσιο Πολιτεία».
