Μετά από πολιορκία 21 ετών και με αρκετές αποτυχημένες προσπάθειες να τη σπάσει, ο Φρανσίσκο Μοροζίνι παραδίδει τον Χάνδακα (Ηράκλειο), στον Μεγάλο Βεζύρη Αχμέτ Κιοπρουλού. Είναι μια εξέχουσα και κομβική στιγμή στην πορεία του Ε΄ Ενετοτουρκικού πολέμου. Παρόλη την απώλεια και της τελευταίας πόλης στην Κρήτη, οι Ενετοί διατήρησαν εκεί τα οχυρωμένα νησιά Σπιναλόγκα, Σούδα και Γραμβούσα, που ήλεγχαν αντίστοιχους όρμους, επιτρέποντας τον ασφαλή ανεφοδιασμό των πλοίων τους.
Ο συγκεκριμένος Ενετοτουρκικός πόλεμος είχε ξεκινήσει ουσιαστικά 25 χρόνια νωρίτερα, όταν το Σεπτέμβριο του 1644 πλοία των ιπποτών της Μάλτας επιτέθηκαν και λεηλάτησαν μια τουρκική νηοπομπή κοντά στη Ρόδο. Τα τουρκικά πλοία που μετέφεραν θησαυρούς, αξιωματούχους και προσκυνητές με προορισμό το Κάιρο και τελικά τη Μέκκα, λεηλατήθηκαν και πολλοί σφαγιάστηκαν ενώ οι άλλοι πουλήθηκαν ως σκλάβοι. Τα πλοία και το φορτίο τους αφέθηκαν για ένα διάστημα στα νότια παράλια της Κρήτης για προστασία, γεγονός που οι Οθωμανοί χρησιμοποίησαν ως πρόφαση. Το επόμενο έτος (1645) μια ισχυρή τουρκική δύναμη αποβιβάστηκε στην Ενετική Κρήτη και γρήγορα κυριάρχησε, αφήνοντας λίγες εστίες αντίστασης, όπως την οχυρωμένη πόλη του Χάνδακα (Candia) και άλλα φρούρια.
Η πολιορκία του Χάνδακα αποδείχθηκε ιδιαίτερα απαιτητικό έργο αλλά το πείσμα των Οθωμανών ήταν μεγάλο, κάνοντας τη την στη δεύτερη πιο μακρά της ιστορίας (τα πρωτεία κατέχουν οι διαδοχικές πολιορκίες της Θέουτα που κράτησαν συνολικά 33 χρόνια).
Ξεκινώντας το 1648, οι Τούρκοι περιέσφιξαν την οχυρωμένη πόλη από ξηράς βομβαρδίζοντας και επιτιθέμενοι κατά των τειχών. Αν και οι Ενετοί και Μαλτέζοι κατόρθωσαν να κρατήσουν ανοιχτή τη διέξοδο προς τη θάλασσα φέρνοντας εφόδια και ενισχύσεις, ασθένειες και πολεμική δράση αποδεκάτισαν το λαό. Μόνο στα δύο τελευταία έτη της πολιορκίας, 29.088 κάτοικοι και στρατιώτες πέθαναν, περιλαμβανομένων και 280 ονομαστών ευγενών. Οι Τούρκοι έχασαν 108.000 άνδρες (οι 38.000 από αυτούς Έλληνες, που στρατολογήθηκαν υποχρεωτικά για να δουλέψουν στα έργα πολιορκίας).
Μόλις 4.000 μάχιμοι είχαν απομείνει το 1669, ενώ οι κάτοικοι από 260.000 προ του πολέμου, ήταν λιγότεροι από 80.000. Έτσι, με την κατάσταση να εκτραχύνεται και τη Βενετία εξαντλημένη, ο Μοροζίνι παραδέχτηκε την ήττα στις 5 Σεπτεμβρίου και στις 27 παρέδωσε τα κλειδιά στους Οθωμανούς.
Η απώλεια της Κρήτης λίγο μετά την απώλεια του άλλου μεγάλου και πλούσιου νησιού, της Κύπρου, αποτέλεσε τεράστιο πλήγμα για την οικονομία και το κύρος της Βενετίας αλλά και για την ικανότητά της να ελέγχει το ναυτικό εμπόριο στην ανατολική Μεσόγειο, που πλέον περνούσε στα χέρια των Οθωμανών. Και οι τελευταίοι, ωστόσο είχαν εξαντληθεί, γεγονός που φάνηκε στους μάλλον γενναιόδωρους όρους που παραχώρησαν στους επί μακρόν πολιορκούμενους. Με βάση τη συμφωνία, οι χριστιανοί μπορούσαν να αποχωρήσουν από το Χάνδακα ειρηνικά, με ό,τι οικοσκευές και πλούτη μπορούσαν να μεταφέρουν.
Οι Ενετοί διατήρησαν την Τήνο και τα Κύθηρα, ενώ το 1692 μια προσπάθεια τους να πάρουν τον Χάνδακα απέτυχε, οπότε η Κρήτη παρέμεινε υπό οθωμανική κυριαρχία ως το τέλος του 19ου αιώνα. Το 1913 θα γίνει επιτέλους τμήμα του ελληνικού κράτους.
