Η γαλλική περιπέτεια του Ναπολέοντα στην Αίγυπτο βρισκόταν στο δεύτερο χρόνο της. Η εκστρατεία ήταν προσωπική επιλογή του, καθώς αποφάσισε να απομακρυνθεί από τη δυσωδία του Παρισιού και των εκεί πολιτικών ραδιουργιών και να δοξαστεί σε μια εύκολη και υποτίθεται ρομαντική εξόρμηση, αποκόπτωντας τη σύνδεση της Βρετανίας με την Ινδία.
Σαν ιδέα φαινόταν καλή αλλά μάλλον ανεφάρμοστη. Ένας γαλλικός στρατός, μακρυά από τη Γαλλία που δεν είχε σταθεροποιηθεί, με πολιτικές αναταραχές και στάσεις να ξεσπούν στο εσωτερικό της και ξένους στρατούς να απειλούν τα σύνορά της, δεν θα είχε τύχη σε μια μακρινή χώρα χωρίς ερείσματα και χωρίς την ικανότητα να παραμείνει εκεί για χρόνια.
Στην πραγματικότητα, ο Ναπολέων έχοντας κερδίσει μεγάλη φήμη στο Παρίσι αλλά όχι αρκετή στήριξη και φίλους μεταξύ των επαναστατικών αρχών και κυρίως του Διευθυντηρίου, απομακρυνόταν από την πολιτική σκηνή για να αποφύγει τη φθορά, ενώ ταυτόχρονα διατηρούσε το όνομά του στην επικαιρότητα, με νέα για νίκες, μακρινούς τόπους και ανεξερεύνητες περιοχές. Έτσι, διατηρούσε τον εαυτό του άσπιλο για να επιστρέψει την κρίσιμη ώρα ως η καταλληλότερη επιλογή. Οι πολιτικοί του αντίπαλοι μάλλον δεν πίστευαν σε ένα τόσο μακρόπνοο σχέδιο αλλά έδωσαν την έγκρισή τους για την εκστρατεία με χαρά, αφού θα τον απομάκρυναν από το Παρίσι.
Ο πρώτος γύρος ήταν επιτυχής: αφού διέφυγε από την παρακολούθηση του βρετανικού στόλου στη Μεσόγειο, το γαλλικό εκστρατευτικό σώμα νίκησε τους Μαμελούκους στη μάχη των πυραμίδων και κυριάρχησε στην Αίγυπτο. Με το καθεστώς των Μαμελούκων να έχει εκριζωθεί, ο Ναπολέων προέλασε στη Συρία, όπου κέρδισε μερικές ακόμα νίκες έναντι των Οθωμανών, χάρη στην καλύτερη εκπαίδευση, πειθαρχία και εξοπλισμό του στρατού του.
Ο βρετανικός, όμως, παράγοντας έκανε και πάλι το θαύμα του. Επιστρέφοντας από την Συρία, ο Ναπολέων θα βρει έναν Τουρκικό στρατό υπό τον Μουσταφά πασά να τον περιμένει στα νώτα του. Ο στρατός αυτός είχε μεταφερθεί με αγγλικά πλοία με σκοπό να τον αποκόψει και να αναχαιτίσει την προέλασή του προς το Βορρά, που θα αποσταθεροποιούσε την Οθωμανική αυτοκρατορία.
Ο Μουσταφά, έμπειρος στρατηγός, έχοντας πολεμήσει Ρώσους στο παρελθόν, γνώριζε ότι οι επιθέσεις κατά ευρωπαϊκών στρατών –όπως στη μάχη των πυραμίδων του προηγούμενου έτους- ήταν αυτοκτονικές. Έτσι στην παραλιακή πόλη του Abukir, παρέταξε τους 18 χιλιάδες στρατιώτες του σε δύο οχυρωμένες γραμμές για αμυντικό αγώνα, που θα έφθειρε τους Γάλλους.
Ο Ναπολέων, με οκτώμιση χιλιάδες άνδρες, είδε το σχέδιο του Μουσταφά και επιτέθηκε αμέσως διασπώντας την πρώτη γραμμή, πριν ακόμα οργανωθεί. Αναχαιτίστηκε, όμως, στη δεύτερη και έστειλε το ιππικό του Μυρά σε μια κυκλωτική ενέργεια. Ο Μυρά σάρωσε τις τουρκικές γραμμές και έφτασε με το άλογο μέσα στην σκηνή του Μουσταφά και τον χτύπησε με τη σπάθη κόβοντάς του δύο δάχτυλα. Ο Μουσταφά όμως πυροβόλησε τον Μυρά στο σαγόνι. Περίπου 8 χιλιάδες Τούρκοι σκοτώθηκαν ή τραυματίστηκαν στη μάχη ή κατά την άτακτη φυγή τους, οι μισοί πνίγηκαν στα νερά του Νείλου.
Η νίκη του Ναπολέοντα του έδωσε ακόμα μεγαλύτερη αίγλη στο Παρίσι, αλλά ο ίδιος γρήγορα αντιλήφθηκε πως ο χρόνος στην Ανατολή ήταν μετρημένος. Διαβάζοντας στις αγγλικές εφημερίδες για τις ήττες του Διευθυντηρίου, αποφάσισε πως η ώρα της επιστροφής είχε φτάσει. Άφησε τον στρατηγό Κλεμπέρ ως γενικό διοικητή και επέστρεψε στη Γαλλία, τον επόμενο μήνα.
Ο Κλεμπέρ κράτησε την Αίγυπτο στη γαλλική κυριαρχία, έστω προσωρινά, αλλά το επόμενο έτος δολοφονήθηκε και οι Γάλλοι υπέστησαν περισσότερες ήττες από τους Βρετανούς, που πλέον εμπλέκονταν άμεσα στην αιγυπτιακή εκστρατεία. Μάχες θα δοθούν ξανά στην Αλεξάνδρεια και στο Αμπουκίρ ενώ ο γαλλικός στόλος θα καταστραφεί. Οι τελευταίοι Γάλλοι, αποδεκατισμένοι περισσότερο από τις τροπικές ασθένειες παρά από τον εχθρό, θα επαναπατριστούν τελικά το 1802, κατόπιν συμφωνίας επιβιβαζόμενοι σε βρετανικά πλοία, δίνοντας οριστικά τέλος στη άσκοπη εκστρατεία.
