Οι γαλλικές δυνάμεις του στρατηγού Ζαν Μορώ (Jean Moreau) ενεδρεύουν και καταστρέφουν μια ισχυρή δύναμη Αυστριακών και Βαυαρών έξω από το Μόναχο.
Ο πόλεμος του Δευτέρου Συνασπισμού των μοναρχικών κρατών κατά της επαναστατημένης Γαλλίας διανύει ήδη τον τρίτο χρόνο του. Όμως η περιόδος που οι επιστρατευμένοι και ελλιπώς εκπαιδευμένοι Γάλλοι στρατιώτες διαλύονταν μπροστά στα συνδυασμένα χτυπήματα των επαγγελματικών στρατών της Αυστρίας και της Πρωσσίας έχει παρέλθει οριστικά.
Η Γαλλία πέρασε πολλές ανακατατάξεις μετά την Επανάσταση του 1789: ο στρατός της έφτασε στο όριο της κατάρρευσης, όταν η επαναστατική διαχείριση απομάκρυνε όλους σχεδόν τους αξιωματικούς επειδή ήταν αριστοκράτες και η πειθαρχία και η εκπαίδευση ισοπεδώθηκαν. Σταδιακά, από τις φλόγες της μάχης άρχισαν να ξεπηδούν χαρισματικοί ηγήτορες, από τη μέση και κατώτερη τάξη, που κέρδισαν την εμπιστοσύνη των ανδρών τους. Η Γαλλία εφάρμοσε για πρώτη φορά γενική επιστράτευση των νέων και ικανών ανδρών στελεχώνοντας τις στρατιές της με πολυάριθμους νεοσυλλέκτους και η τριβή στα πεδία των μαχών ανέλαβε όλα τα υπόλοιπα.
Το 1798, η Γαλλία ένιωσε αρκετά ισχυρή να αντιμετωπίσει ξανά τους εχθρούς της διεκδικώντας νέα κέρδη από αυτά που είχε ήδη από τον πόλεμο του Πρώτου Συνασπισμού. Οι διαθέσεις της Γαλλίας κινητοποίησαν εκ νέου πολλά βασίλεια, της Βρετανίας, της Ρωσίας, της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και της Αυστρίας, της οποίας τα εδάφη ήταν και στην πρώτη γραμμή των γαλλικών διεκδικήσεων. Οπότε το Νοέμβριο του 1799, οι άνεμοι του πολέμου έπνεαν και πάλι στην ευρωπαϊκή ήπειρο.
Με τις κύριες επιθετικές προσπάθειες της Γαλλίας να λαμβάνουν χώρα στην Ιταλία και στις Κάτω Χώρες (καθώς και μια υπερπόντια εκστρατεία που είχε αναλάβει ο στρατηγός Ναπολέων Βοναπάρτης στην Αίγυπτο), οι γαλλικές δυνάμεις στην περιοχή του Ρήνου ήταν μικρές και με λιγοστά εφόδια, περιοριζόμενες στην κατοχή σημαντικών περασμάτων.
Το 1800, ο Ναπολέων, που είχε επιστρέψει πλέον από την Αίγυπτο και είχε αναλάβει εκτελεστικά αξιώματα, ανέθεσε τη διοίκηση των γαλλικών στρατευμάτων στη Γερμανία στον φίλο του, στρατηγό Ζαν Μορώ. Ο τελευταίος κατάφερε να απωθήσει τους Αυστριακούς μέχρι τον ποταμό Ίζαρ, κοντά στο Μόναχο, κάνοντας τους να ζητήσουν ανακωχή.
Στο διάστημα της ανακωχής, ο διοικητής των αυστριακών στρατευμάτων στη Βαυαρία, βαρώνος Pal Kray, αντικαταστάθηκε από τον 18χρονο αρχιδούκα Ιωάννη, αδελφό του αυτοκράτορα Φραγκίσκου του 2ου. Ο Φραγκίσκος όμως προσπάθησε να αντισταθμίσει την έλλειψη πείρας και ικανοτήτων του αδελφού του, διορίζοντας δίπλα του, ικανούς υφισταμένους. Έτσι ο έμπειρος στρατηγός Franz von Lauer τοποθετήθηκε υποδιοικητής του νεαρού αρχιδούκα Ιωάννη, ο οποίος έλαβε οδηγίες να ακολουθεί πάντα τις συμβουλές του, ενώ επιτελάρχης τοποθετήθηκε ο δυναμικός συνταγματάρχης Franz von Weyrother (που θα κατάστρωνε το σχέδιο μάχης στη μάχη του Αούστερλιτς λίγα χρόνια μετά). Οπότε η αυστριακή στρατιά ξεκινούσε τη μάχη με τρεις επικεφαλής, μια όχι και τόσο ευοίωνη προοπτική.
Οι Αυστριακοί κινήθηκαν επιθετικά με τα σχέδια του von Weyrother να διατάσσουν διεισδύσεις, κύκλωση του αριστερού των γαλλικών δυνάμεων στη Βαυαρία και κρούση και αποκοπή του κέντρου, χωρίζοντας τη στρατιά τους. Αλλά ήδη από τις πρώτες εβδομάδες έγινε φανερό πως ο αυστριακός στρατός κινείτο πολύ αργά για να ανταποκριθεί στα σχέδια αυτά. Παρόλα αυτά, την 1η Δεκεμβρίου 1800, οι Αυστριακοί κύκλωσαν τον Γάλλο στρατηγό Paul Grenier και μετά από μάχη κατάφεραν να τον κάνουν να υποχωρήσει, κάτι που προκάλεσε ενθουσιασμό στη Βιέννη.
Η επιτυχία όμως της αυστριακής στρατιάς δεν ήταν τόσο μεγάλη όσο περιγράφηκε στις αναφορές του επιτελείου της. Οι Αυστριακοί αντιμετώπιζαν μέρος του γαλλικού στρατού που υφιστάμενος απώλειες 1.700 ανδρών υποχώρησε συντεταγμένα έχοντας προκαλέσει διπλάσιες απώλειες στους αντιπάλους του. Επιπλέον, ο στρατηγός Μορώ είχε επιστρέψει στο πόστο του και κινητοποιούσε ήδη το σύνολο της Στρατιάς του κατά των Αυστριακών. Ο έμπειρος Αυστριακός υποδιοικητής von Lauer συνέστησε να εγκαταλείψουν τους πολύπλοκους ελιγμούς κινούμενοι κατευθείαν προς το Μόναχο, αλλά η γνώμη του, την οποία ο αρχιδούκας Ιωάννης όφειλε να ακολουθεί, δεν εισακούστηκε.
Έτσι ο αρχιδούκας και ο ορμητικός επιτελάρχης του, Weyrother, ερμήνευσαν τη γαλλική υποχώρηση ως ένδειξη αδυναμίας και κινητοποίησαν όλη τη δύναμή τους για να την καταδιώξουν. Πιστεύοντας ότι ακολουθούσαν έναν ηττημένο εχθρό, οι Αυστριακοί που υπερτερούσαν πλέον ελάχιστα σε αριθμούς (60.000 έναντι 53.000 Γάλλων) χωρίστηκαν σε τέσσερις φάλαγγες και διέσχισαν το πυκνό δάσος Έμπερσμπεργκ. Καθώς η επαφή μεταξύ των τμημάτων των Αυστριακών χάθηκε, ο Γάλλος στρατηγός Μορώ έστησε μια παγίδα στην έξοδο του δάσους κοντά στην κοινότητα Χοενλίντεν, αποδεκατίζοντας τον εχθρό που είχε αποσυντονιστεί από την δύσκολη πορεία.
Μία προς μία, οι αυστριακές φάλλαγγες έπεσαν πάνω στις γαλλικές γραμμές πολεμώντας απελπισμένα σε ένα σκηνικό από παγωμένα δέντρα και λασπωμένα μονοπάτια, όπου ακόμα και κλιμάκια επιπέδου τάγματος δυσκολεύονταν να κινηθούν, οι ελιγμοί του ιππικού και του πυροβολικού ήταν ελάχιστοι ενώ η επικοινωνία μεταξύ των τμημάτων σχεδόν αδύνατη. Η τέχνη της παραπλάνησης και η πλαγιοκόπηση των μονάδων εφαρμόστηκε και από τις δύο πλευρές αλλά στο τέλος, οι Γάλλοι αποδείχθηκαν νικητές.
Στην τελική φάση, κι ενώ οι δυνάμεις των Αυστριακών είχαν καθηλωθεί και διαλυθεί σε μεγάλο βαθμό, η μεραρχία του γάλλου στρατηγού Ρισεπάνς ελίχθηκε στα νώτα τους και τους επιτέθηκε από το πλάϊ. Η κατάρρευση των Αυστριακών και Βαυαρών ήταν απόλυτη, έχοντας 4.600 νεκρούς και τραυματίες και 9.000 αιχμαλώτους. Η ήττα στο Χοενλίντεν, που ήρθε πέντε μήνες μετά τη μεγάλη νίκη των Γάλλων στο Μαρένγκο, έπεισε τη Βιέννη να υπογράψει ανακωχή χάνοντας τα εδάφη πέραν του Ρήνου. Το φταίξιμο της καταστροφής έπεσε στον μοναδικό που αντιδρούσε σε αυτές τις κινήσεις, τον στρατηγό Lauer, που εξωθήθηκε σε πρόωρη αποστρατεία.
