Οι Ελληνικές δυνάμεις υπό τον Γεώργιο Καραϊσκάκη αποκλείουν ισχυρή τουρκαλβανική δύναμη στην Αράχωβα, αποκόπτοντάς την από το κύριο τουρκικό σώμα και στερώντας της εφόδια για την επιβίωσή της.
Την Άνοιξη του 1826, η επανάσταση περνούσε κρίση μετά την τραγική πτώση του Μεσολογγίου. Με το έρεισμα του να έχει χαθεί, οι Τούρκοι και Αλβανοί του Μεχμέτ Ρεζίτ πασά Κιουταχή απλώθηκαν σε όλη τη Στερεά, διασκορπίζοντας τα σώματα των επαναστατών και ωθώντας τις ομάδες των κλεφτών να κλειστούν στις κρυψώνες τους στα βουνά. Μέχρι το Καλοκαίρι οι Τούρκοι είχαν φτάσει στην Αττική, πρακτικά ανεμπόδιστοι, οργάνωσαν στρατόπεδο και συγκρούστηκαν με τις ελληνικές δυνάμεις, αναγκάζοντας τις να κλειστούν στην Ακρόπολη, όπου πολιορκήθηκαν στενά.
Η κατάσταση είχε γίνει εξαιρετικά κρίσιμη. Η κυβέρνηση Ανδρέα Ζαΐμη μπροστά στον κίνδυνο ολικής κατάρρευσης, που θα έφερνε μια νέα εισβολή των Τούρκων στην Πελοπόννησο, έβγαλε τον Γεώργιο Καραϊσκάκη από τη φυλακή – όπου τον κρατούσε ως αντιφρονούντα μετά τον εμφύλιο του 1825 – και του ανέθεσε τη γενική αρχηγία των στρατευμάτων στη Στερεά.
Ο Καραϊσκάκης οργάνωσε ένα μεγάλο στρατόπεδο στην Ελευσίνα και προσπαθούσε με τα πενιχρά μέσα που είχε στη διάθεσή του και ένα σώμα εθελοντών και αποθαρρυμένων επαναστατών (με νωπές ακόμα τις μνήμες των ενδοελληνικών συγκρούσεων μεταξύ Μωραϊτών και Ρουμελιωτών κατά τα χρόνια 1824-1825), να αντιμετωπίσει τον οργανωμένο στρατό των Οθωμανών ανακουφίζοντας τη φρουρά της Ακρόπολης.
Βλέποντας πως το έργο του ήταν ηράκλειο, ο Καραϊσκάκης αποφάσισε να επιδιώξει μια πιο έμμεση προσέγγιση για την αποδυνάμωση των Τούρκων: Αναζωπυρώνοντας τις ομάδες στα ορεινά περάσματα της Ρούμελης, στα νώτα των Οθωμανών για να παρεμποδίσουν τη ροή ενισχύσεων και εφοδίων προς τη στρατιά τους. Το έργο του απέδωσε καρπούς. Με την προσωπική του παρουσία και ομάδες επιλεγμένων πολεμιστών, κατόρθωσε να εκδιώξει και εξουδετερώσει εχθρικές φρουρές στα στενά δερβένια (περάσματα) και να επανενωθεί με ομάδες κλεφτών.
Το σχέδιό του μπορούσε να εξελιχθεί σε πνίχτη γύρω από το λαιμό του οθωμανικού στρατοπέδου, εφόσον πετύχαινε. Αλλά ακόμα κι αν δεν το κατόρθωνε, θα ανάγκαζε τον Ρεζίτ πασά να αποστείλει ενισχύσεις για να ανοίξει διόδους στα ορεινά περάσματα, εκθέτοντας τους Τούρκους στον ανταρτοπόλεμο και μειώνοντας τις δυνάμεις τους στην Αττική.
Τον Νοέμβριο, ο Καραϊσκάκης είχε υπό τις διαταγές του 2.000 πεζούς και 60 περίπου ιππείς υπό τον Ηπειρώτη Χατζημιχάλη Νταλιάνη, ενώ μπορούσε να υπολογίσει και στην αρωγή σωμάτων Θεσσαλών, που αποβιβάζονταν στην Ταλάντι (στενά Αταλάντης) και θα μπορούσαν να αποκόψουν την κεντρική αρτηρία ενισχύσεων, που περνούσε από τις Θερμοπύλες.
Οι Τούρκοι, όντως, είδαν με ανησυχία τις κινήσεις των Ελλήνων και απέσπασαν ένα παρόμοιας δύναμης σώμα για να τους καταδιώξει και να κρατήσει τις οδεύσεις ανοιχτές. Το σώμα ήταν υπό τις διαταγές του Μουσταφά μπέη και των Καρυοφίλ μπέη και Κεχαγιά μπέη. Ακολουθώντας τους Έλληνες στενά, οι Τούρκοι κινούνταν από τους κεντρικούς δρόμους Λιβαδειάς και Αράχωβας ενώ οι Έλληνες προτίμησαν τα ορεινά περάσματα Προυσσού, Δοβραίνων και Διστόμου.
Με πληροφορία που έλαβε από μοναχό που γνώριζε τα αλβανικά και είχε ακούσει τις διαβουλεύσεις των Μουσταφάμπεη και των επιτελών του, ο Καραϊσκάκης έμαθε τα σχέδια των Τούρκων να κινηθούν προς τα Σάλωνα μέσω Αράχωβας, για να ανακουφίσουν φρουρές τους που πιέζονταν από σώματα των Δυοβουνιώτη και Νάκου Πανουργιά. Έστειλε 500 άνδρες να πιάσουν τα περάσματα προς την Αράχωβα ενώ τοποθέτησε σκοπιές σε άλλα πιθανά δρομολόγια για να του αναφέρουν τις κινήσεις του εχθρού. Ο ίδιος με το κύριο σώμα θα ακολουθούσε και θα έκλεινε τις οδούς διαφυγής των Τούρκων εγκλωβίζοντάς τους.
Το επόμενο πρωί, οι Τούρκοι έφτασαν έξω από την Αράχωβα, όπου δέχτηκαν τα διασταυρούμενα πυρά των Ελλήνων. Οι τελευταίοι οχυρωμένοι και με ανεφοδιασμό από την Αράχωβα είχαν το σαφές πλεονέκτημα. Αντίθετα, οι Τούρκοι έμειναν εκτεθειμένοι στα στοιχεία της φύσης στις ορεινές πλαγιές του Παρνασσού μέσα στον Χειμώνα, υποφέροντας από το κρύο και την υγρασία.
Η κατάσταση των Τουρκαλβανών άρχισε σταδιακά να γίνεται απελπιστική. Αποκλεισμένοι στα ορεινά περάσματα, προσπάθησαν να διαπραγματευτούν με τον Καραϊσκάκη. Ο τελευταίος ζήτησε να καταθέσουν τα όπλα τους, να αφήσουν ό,τι εφόδια είχαν και τους αρχηγούς τους ομήρους και να φύγουν. Ο Μουσταφάμπεης απέρριψε τους όρους και συνέχισε να μάχεται αναμένοντας ενισχύσεις από τον Κιουταχή, αλλά σκοτώθηκε όταν πέρασε μπροστά για να εμψυχώσει τους άνδρες του.
Μετά από μια αποτυχημένη έξοδο και απορρίπτοντας νέες προτάσεις του Καραϊσκάκη για ασφαλή εκκένωση με “μπέσα” αφήνοντας πίσω τον οπλισμό τους, οι Τουρκαλβανοί θα επιχειρήσουν να διαφύγουν προς τις κορυφές του Παρνασσού. Οι Έλληνες θα τους καταδιώξουν και θα τους σφάξουν ανελέητα. Οι περισσότεροι από τους 2.000 Τουρκαλβανούς σκοτώνονται ή πεθαίνουν από το κρύο. Οι Έλληνες έχουν κάπου 20 νεκρούς και περίπου 50 τραυματίες.
Μετά τη μάχη, ο Καραϊσκάκης αναβίωσε ένα παλιό έθιμο ορθώνοντας μια πυραμίδα με 300 κομμένα κεφάλια των εχθρών, που ήταν ορατό από τους Δελφούς, με την επιγραφή: «Τρόπαιον των Ελλήνων κατά των βαρβάρων Οθωμανών ανεγερθέν κατά το 1826 έτος Νοεμβρίου 24· Εν Αράχωβα». Τα κεφάλια των διοικητών Μουσταφάμπεη και Κεχαγιάμπεη στέλνονται στο Εκτελεστικό στην Αίγινα μαζί με 12 αιχμαλώτους αξιωματικούς.
Η νίκη στην Αράχωβα αναζωπύρωσε την επανάσταση στη Ρούμελη που βαλλόταν από τις επιθέσεις Τούρκων κι Αλβανών και έδωσε νέα δύναμη στους πολιορκούμενους στην Ακρόπολη της Αθήνας. Τα όπλα και τα πολεμοφόδια των νεκρών αποτέλεσαν σημαντική ενίσχυση για τους επαναστάτες. Το άγριο μήνυμα του Καραϊσκάκη ελήφθη σοβαρά υπόψη από εχθρούς και φίλους.