Η Μικρασιατική καταστροφή είχε αφήσει σε έκρυθμη κατάσταση τα πολιτικά πράγματα της Ελλάδος, τόσο που η παραίτηση της κυβέρνησης Πρωτοπαπαδάκη δεν κατάφερε να τα αμβλύνει ούτε στο ελάχιστο. Οι εξελίξεις ήταν κατακλυσμικές:
– Στις 11/24 Σεπτεμβρίου 1922 συγκροτήθηκε επαναστατική επιτροπή απο τους συνταγματάρχες Νικόλαο Πλαστήρα και Στυλιανό Γονατά και τον υποπλοίαρχο Δημήτριο Φωκά, που κινητοποίησαν τις συγκεντρωμένες στη Χίο και Λέσβο μονάδες στρατού εναντίον των Αθηνών. Η νέα κυβέρνηση Τριανταφυλλάκου είχε μόλις δύο εβδομάδες στην εξουσία, όταν εκδηλώθηκε το Κίνημα. Προκηρύξεις που ρίφθηκαν με αεροπλάνο, αξίωναν την παραίτηση της κυβέρνησης και του βασιλιά, τη συγκρότηση φιλικής προς την Entente κυβέρνησης, την ενίσχυση του μετώπου της Θράκης και την τιμωρία των υπευθύνων της καταστροφής.
– Στις 13/26 Σεπτεμβρίου, τα πλοία που μετέφεραν τους επαναστάτες έφτασαν στο Λαύριο.
– Στις 14/27 Σεπτεμβρίου, ο βασιλιάς Κωνσταντίνος παραιτήθηκε και έφυγε στην Ιταλία, ενώ στο θρόνο ανήλθε ο γιός του, Γεώργιος ο 2ος.
– Στις 15/28 Σεπτεμβρίου, η επαναστατική τριανδρία εισήλθε στην Αθήνα καταστέλλοντας προσπάθεια του αποστράτου Θεοδώρου Παγκάλου να καταλάβει το κενό εξουσίας εγκαθιδρύοντας δικτατορία.
– Στις 16/29 Σεπτεμβρίου παραιτήθηκε η κυβέρνηση, οπότε η επαναστατική επιτροπή διόρισε πρωθυπουργό τον Αλέξανδρο Ζαΐμη, ο οποίος όμως, απουσιάζοντας στο εξωτερικό, αρνήθηκε. Έτσι, ο κλήρος του πρωθυπουργού έπεσε στον Σωτήριο Κροκιδά, που και αυτός λόγω απουσίας του από την Αθήνα, όρισε αντικαταστάτη του τον εκτελούντα χρέη υπουργού Άμυνας, αντιστράτηγο Αναστάσιο Χαραλάμπη. Ο Χαραλάμπης θα συγκεντρώσει για μία μέρα (16-17 Σεπτεμβρίου 1922 με το παλαίο ημερολόγιο) τους τίτλους του πρωθυπουργού, υπουργού Άμυνας και υπουργού των Εσωτερικών. Την επομένη, ο Κροκιδάς ανέλαβε τα ηνία της κυβέρνησης.
Ουσιαστικό κέντρο αποφάσεων, όμως, παρέμενε η τριανδρία, που διόρισε τον Ελευθέριο Βενιζέλο ως διεθνή διαπραγματευτή με τους Συμμάχους. Τα μέλη της παλιάς κυβέρνησης Γούναρη (Γούναρης, Στράτος, Πρωτοπαπαδάκης, Μπαλτατζής, Θεοτόκης, Χατζηανέστης, Γούδας και Ξενοφών Στρατηγός), συνελήφθησαν και κρατήθηκαν στην Αστυνομική Διεύθυνση Αθηνών.
Αρχικά, η σκληροπυρηνική μερίδα του κινήματος (Πάγκαλος, Οθωναίος, Παπαναστασίου) ζητούσε την άμεση και άνευ δίκης εκτέλεσή τους. Μάλιστα, στις 9/22 Οκτωβρίου οργανώθηκε υπό την καθοδήγησή της μεγάλο συλλαλητήριο 100.000 διαδηλωτών στην πλατεία Συντάγματος, με απαίτηση την άμεση εκτέλεση των υπευθύνων. Το πνεύμα των ημερών ήταν ότι η Ελλάδα δεν ηττήθηκε στη Μικρά Ασία, αλλά προδόθηκε.
Η πίεση των Ευρωπαϊκών Δυνάμεων για ομαλή τήρηση των θεσμικών διαδικασιών και η επιρροή του Βενιζέλου οδήγησαν την Επιτροπή να προσαγάγει τους οκτώ σε δίκη, που ξεκίνησε στις 31 Οκτωβρίου/13 Νοεμβρίου στο κτίριο της Παλιάς Βουλής. Του εκτάκτου στρατοδικείου προήδρευαν οι Πάγκαλος και Οθωναίος με τη βοήθεια δύο συνταγματαρχών (Λούφας και Καλογεράς).
Το κατηγορητήριο περιελάμβανε 15 κατηγορίες για αστοχίες στη διπλωματική στρατηγική, καταστροφικές παρεμβάσεις της πολιτικής ηγεσίας και του βασιλέως στη χάραξη της πορείας των επιχειρήσεων και την ανάθεση σημαντικών θέσεων σε άτομα ακατάλληλα και άπειρα με κριτήριο τα πολιτικά τους φρονήματα (με σημαντικότερο το διοικητή Στρατιάς, στρατηγό Χατζηανέστη). Ο Γούναρης, έμπειρος νομικός ο ίδιος, έχοντας διαβάσει το κατηγορητήριο το έκρινε αβάσιμο νομικά αλλά θεωρούσε την απόφαση ειλημμένη. Άλλωστε ο ίδιος ήταν άρρωστος με τύφο και δεν παρίστατο στο μεγαλύτερο μέρος της δίκης.
Η δίκη ήταν ιδιαίτερα επεισοδιακή, αφού, πέρα από τη σύνθεση του δικαστηρίου και την παράθεση των κατηγοριών, από τις θέσεις μαρτύρων παρέλασαν στρατιωτικοί που αντιτάσσονταν στις επιλογές της ηγεσίας για τον τρόπο επιχειρήσεων, ο υπασπιστής του Παγκάλου, ο προηγούμενος αρχηγός στρατιάς Μικράς Ασίας, αντιστράτηγος ε.α. Αναστάσιος Παπούλας, που κατηγόρησε με πάθος για όλα τον Χατζηανέστη (αν και ο ίδιος τον είχε προτείνει), ο Φωκίων Νέγρης, ο Κωνσταντίνος Ρέντης, ο Γεώργιος Ράλλης κ.α.
Η ετυμηγορία αναγνώστηκε στις 15/28 Νοεμβρίου από τον πρόεδρο του στρατοδικείου συνταγματάρχη Οθωναίο: οι έξ(ι) πρώτοι εις θάνατον, οι δε υπόλοιποι σε ισόβια δεσμά. Επιπλέον, οι στρατιωτικοί (Χατζηανέστης, Στρατηγός και Γούδας) θα καθαιρούντο, ενώ πρόστιμα και τέλη για τη δίκη θα βάρυναν τους κατηγορουμένους αναλόγως της θέσης τους.
Παρά την αντίθεση πολλών (μεταξύ τους και του Ιωάννη Μεταξά) εντός κι εκτός Ελλάδος για την εκτέλεση, ούτε ο Πλαστήρας ούτε ο βασιλιάς Γεώργιος κινήθηκαν για να την αποτρέψουν. Μάλιστα, ο Πάγκαλος μερίμνησε και πέτυχε την επίσπευση της, όταν πληροφορήθηκε ότι ο Βρετανός πλοίαρχος Τάλμποτ είχε αποπλεύσει με αντιτορπιλικό από τη Γένοβα, κομίζοντας επείγον μήνυμα από το Λονδίνο στην κυβέρνηση να μην προχωρήσει στις εκτελέσεις, ειδεμή, η Βρετανία δεν θα στήριζε την Ελλάδα στη Λωζάννη και δεν θα της χορηγούσε δάνειο.
Η απόφαση του δικαστηρίου κοινοποιήθηκε στις 9 το πρωΐ της επομένης και μιάμιση ώρα μετά οι κατηγορούμενοι, αφού αποχαιρέτησαν τους οικείους τους, οδηγήθηκαν σε τοποθεσία στο Γουδί και στις 11:27 τυφεκίστηκαν. Λίγη ώρα αργότερα, ο πλοίαρχος Τάλμποτ περνούσε την πόρτα του Πλαστήρα επιδίδοντάς του το μήνυμα για να λάβει ως απάντηση το τετελεσμένο.
Οι αντιδράσεις των Δυνάμεων ήταν αρνητικές. Παρατηρήσεις δέχτηκε η ελληνική αντιπροσωπεία στη Λωζάννη, ενώ Ιταλία και Βρετανία διέκοψαν διπλωματικές σχέσεις με την Ελλάδα. Την απογοήτευσή τους εξέφρασαν ΗΠΑ, Σουηδία και Βέλγιο, που επηρέασε τις προσπάθειες της χώρας να εξασφαλίσει δάνειο και ανθρωπιστική βοήθεια για τους Μικρασιάτες πρόσφυγες.
Η εκτέλεση έτσι επιδείνωσε την ήδη πολύ άσχημη διεθνή θέση της Ελλάδος. Μέτρια, όμως, ήταν και η απήχηση στην ελληνική κοινωνία, αφού αποσταθεροποίησε παρά συνάσπισε το εσωτερικό μέτωπο. Πληροφορούμενη την καταδικαστική απόφαση, η κυβέρνηση Κροκιδά, που είχε εκφράσει την αντίθεσή της στη διαδικασία, παραιτήθηκε και ανέλαβε νέα υπηρεσιακή κυβέρνηση υπό τον ίδιο τον Στυλιανό Γονατά. Και αυτή όμως θα πέσει 13 μήνες μετά, για να αναλάβει μια ακόμα κυβέρνηση Βενιζέλου.
Η δίκη αποτέλεσε μια πολιτική παρωδία στην οποία η επαναστατική επιτροπή βρέθηκε αυτοπαγιδευμένη, αγομένη από τις ίδιες της τις διακηρύξεις και υποδαυλιζόμενη κυρίως από άτομα που κάλυψαν έτσι τις δικές τους παραλείψεις και λάθη. Το 2010 με ενέργειες του Μιχαήλ Πρωτοπαπαδάκη, εγγονού του εκτελεσθέντος πρωθυπουργού, ο Άρειος Πάγος επανεξέτασε τη δίκη κρίνοντας αθώους τους «εξ».