Από την έναρξη κιόλας της κατασκευής του Ju.88, κατέστη πρόδηλο στους σχεδιαστές πως υπήρχαν δυνατότητες περαιτέρω βελτιώσεων και δημιουργίας νέων τύπων. Όμως οι προσδοκίες άρχισαν να σβύνουν το 1943 με το Ju. 288:
Ως αποτέλεσμα, το Ju.88 παρέμεινε κατ’ ουσίαν αμετάβλητο για τρία χρόνια. Μικρές βελτιώσεις έλαβαν χώρα, οι οποίες, μολαταύτα, δεν επηρέασαν τον ρυθμό παραγωγής του.
Το φθινόπωρο του 1942, το τεχνικό επιτελείο του Υουργείου Αεροπορίας (RLM) αντελήφθη πως το Ju.288 δεν θα μπορούσε να προσφέρει τα αναμενόμενα, οπότε το project αναβλήθηκε και ξεκίνησαν οι διαβουλεύσεις για τον πιθανό αντικαταστάτη του. Ταυτοχρόνως, η κατασκευάστρια εταιρεία συνέχισε να εργάζεται επάνω στο Ju.88Ε, το οποίο θεωρήθηκε ως η καλύτερη εναλλακτική του βομβαρδιστικού της σειράς «Β».
Οι διαδοχικές τροποποιήσεις του Ju.88Ε-0 κατέληξαν το Σεπτέμβριο του 1941 στο πειραματικό Ju.88-V27. Η άτρακτος και οι κινητήρες (ΒMW-801) ήταν οι ίδιοι, αλλά το άνοιγμα πτερύγων αυξήθηκε κατά δύο μέτρα, ενώ προσετέθη κι ένας πυργίσκος EDL-131 με μονό πολυβόλο MG-131. Την άνοιξη του 1942, το συγκεκριμένο πειραματικό εξελίχθηκε σε Ju.88-V44, το οποίο διέθετε ακόμη μεγαλύτερες πτέρυγες και κάθετο ουραίο. Οι δεδομένες αλλαγές, που κρίθηκαν αναγκαίες κατόπιν προβλημάτων ασταθείας στις δοκιμαστικές πτήσεις των Ju.88Ε-0 και V27, πέρασαν και στο Ju.88-V58, το οποίο αποτέλεσε και το πρωτότυπο του Ju.88G.
Το Ju.88-V44 μετονομάστηκε σε Ju.188-V1 και τον Οκτώβριο του 1942 αποφασίστηκε η συνέχιση της κατασκευής του. Ακολούθησε η παραγγελία ενός δευτέρου Ju.188-V2, το οποίο ολοκληρώθηκε και διετέθη για δοκιμή τον Ιανουάριο του 1943. Και τα δύο αυτά πειραματικά αεροσκάφη προορίζονταν για συμβατικούς και καταδυτικούς βομβαρδισμούς, διαθέτοντας τα αερόφρενα και την αυτόματη ανάκτηση καταδύσεως του Ju.88Α-4. Ενώ οι διαδικασίες γύρω από το νέο αεροπλάνο εντατικοποιούνταν στο Bernburg, το RLM οριστικοποίησε και τις απαιτούμενες προδιαγραφές. Μεταξύ άλλων, επεσήμανε και την ανάγκη εγκαταστάσεως είτε των Jumo-213 είτε των ΒMW-801, στο ίδιο πάντα πλαίσιο, ελαχιστοποιώντας έτσι όποιους κινδύνους πιθανών καθυστερήσεων στην παραγωγή λόγω αργοπορημένης παραδόσεως των κινητήρων, οι οποίοι θα επιλέγονταν αναλόγως της διαθεσιμότητας του ενός ή του άλλου.
Εκτός από τμήμα του ρύγχους, τις κονσόλες και τις πτέρυγες, το νέο αεροσκάφος είχε εξαιρετικές ομοιότητες με αυτό του Ju.88Α-4. Στις πτέρυγες και πίσω από τους κινητήρες βρίσκονταν δεξαμενές των 830 και 850 λίτρων καυσίμου, ενώ υπήρχε και μια ακόμη των 150 λίτρων με το μείγμα νερού μεθανόλης MW-50. Στην άτρακτο βρισκόταν άλλη δεξαμενή 1.680 λίτρων, ενώ για πτήσεις μακράς εμβελείας, μια πρόσθετη των 500 λίτρων μπορούσε να τοποθετηθεί στην καταπακτή βομβών. Είχε μήκος 14,95 μέτρα, ύψος 4,45 και έκταση πτερύγων 22. Το εμβαδόν τους ήταν 56 τετ. μέτρα.
Ο αμυντικός οπλισμός αποτελείτο από ένα πυροβόλο MG-151 των 20 χλστ. σε υδραυλικής λειτουργίας ραχιαίο πυργίσκο και ένα ίδιο στη δεξιά πλευρά του ανεμοθώρακα. Δύο ακόμη πολυβόλα (MG-131 και MG-81Z) βρίσκονταν στο χώρο πίσω από το πιλοτήριο, το ένα επάνω και το άλλο κάτω από την άτρακτο.
Τα τρία πρώτα αεροπλάνα παραδόθηκαν το Φεβρουάριο του 1943. Ακολούθησαν άλλα επτά το Μάρτιο και ακόμη οκτώ τον Απρίλιο. Το Μάϊο του 1943 συστάθηκε μια έμπειρη ομάδα της Luftwaffe που θα αναλάμβανε την αξιολόγηση του νέου βομβαρδιστικού, ενώ μετά το πέρας των στρατιωτικών δοκιμών, 28 κομμάτια εστάλησαν στην I/KG.6Η. Αυτή ήταν η πρώτη μάχιμη μονάδα που παρέλαβε το Junkers Ju.188, το οποίο ξεκίνησε επιχειρήσεις στο Δυτικό Μέτωπο στις 20 Οκτωβρίου.
Μέχρι το τέλος του 1943, η Luftwaffe έλαβε συνολικά 283 Ju.188 από τη γραμμή συναρμολόγησης του Bernburg. Στις αρχές του 1944, τα εργοστάσια ATG στη Λειψία και Siebel στο Halle συμπεριλήφθησαν στο πρόγραμμα παραγωγής του. Τα περισσότερα από τα νέα βομβαρδιστικά που έφτασαν στη Luftwaffe το 1943 είχαν τους BMW-801, οι οποίοι ήταν διαθέσιμοι σε μεγαλυτέρους αριθμούς από τους Jumo-213Α-1. Με τους τελευταίους (που περιέστρεφαν τρίφυλλες έλικες Junkers VS-11 μεταβλητού βήματος), τα αεροσκάφη ανέπτυσσαν 1.776 ίππους κατά την απογείωση και 1.600 ίππους σε υψόμετρο 6.000 μέτρων.
Στα Ju.188Α-0 δεν προσαρμόστηκαν αερόφρενα και αυτόματη ανάκτηση καταδύσεως. Διετέθησαν μόνο ως συμβατικά βομβαρδιστικά και μπορούσαν να δεχθούν στην καταπακτή τους βόμβες συνολικού βάρους τριών τόνων. Για βομβαρδιστικό καταδύσεων προοριζόταν το Ju.188Α-1, αλλά το πλάνο ακυρώθηκε λόγω του ότι τα σχέδια της ανωτάτης διοικήσεως της Luftwaffe για τους συγκεκριμένους τύπους αεροσκαφών μετεβλήθησαν.
Το Ju.188Α-2 μπήκε σε παραγωγή στις αρχές του 1944 και τροφοδοτείτο με Jumo-213Α-1, των οποίων η ισχύς μπορούσε να φτάσει στους 2.240 ίππους κατά την απογείωση και στους 1.880 ίππους σε ύψος 4.700 μέτρων με έγχυση μείγματος MW-50.
Το τορπιλοφόρο Ju.188Α-3 διέφερε από το A-2 μόνο στην απουσία πυλώνων για εξωτερικές βόμβες. Αυτός ο τύπος, που ήταν ωστόσο περιορισμένος, είχε δυνατότητα μεταφοράς ενός ζεύγους τορπιλών LT-1B των 800 κιλών ή LTF-5b των 765 κιλών, ενώ ένα ραντάρ FuG 200 Hohentwiel ήταν εγκατεστημένο στο ρύγχος.
Ήδη πριν ακόμη από την έναρξη της παραγωγής των Ju.188, συζητείτο η εγκατάσταση δύο τηλεκατευθυνομένων πολυβόλων MG-131 στο τμήμα της ουράς του αεροσκάφους που θα ελέγχετο με περισκόπιο PVE-11. Το συγκεκριμένο σύστημα δοκιμάστηκε σε αεροσκάφη της σειράς «Α».
Στο Ju.188C-0 που ακολούθησε, το ουραίο τμήμα ενισχύθηκε και οι δεξαμενές καυσίμου στους προβόλους αφαιρέθηκαν. Οι αλλαγές ήταν περίπλοκες και όχι ιδιαιτέρως ικανοποιητικές, οπότε η ιδέα της μαζικής παραγωγής του παρακάμφθηκε.
Κατά τους πρώτους μήνες του 1944, έμφαση δόθηκε στη δημιουργία και παραγωγή ενός αναγνωριστικού. Στη βάση του Ju.188Α κατασκευάστηκαν δύο νέοι τύποι, τα Ju.188D-1 και D-2. O εμπρόσθιος οπλισμός αφαιρέθηκε και το πλήρωμα μειώθηκε στα τρία μέλη. Με μέγιστο βάρος απογειώσεως 15.200 κιλών – έχοντας πλήρες φορτίο και εξωτερικές δεξαμενές – το Ju.188D μπορούσε να πετάξει με 475 χλμ/ώρα σε ύψος περίπου 6.000 μέτρων, ενώ η ανωτάτη ταχύτητα στο συγκεκριμένο ύψος έφτανε τα 535 χλμ/ώρα. Για τον εξοπλισμό του υπήρξαν δύο επιλογές: για ημερήσιες πτήσεις διέθετε δύο κάμερες Rb-50/30 ή Rb-75/30, ενώ για νυκτερινές δύο NRb-40/25 ή NRb-50/25. Λόγω του ότι το Ju.188D-2 ήταν ένα αεροσκάφος ναυτικών αναγνωρίσεων ήταν επίσης εφοδιασμένο και με το ραντάρ εντοπισμού FuG 200 Hohentwiel.
