Ζωντανό μέλος του Ελληνισμού, η Κρήτη είχε δώσει το «παρών» σε κάθε εθνεγερσία αλλά η γεωστρατηγική της θέση την είχε προδώσει. Καμία Μεγάλη Δύναμη δεν δεχόταν να περιληφθεί στη δικαιοδοσία ενός νεαρού και αδύναμου –για να μην πούμε ατίθασου- κράτους, όπως η Ελλάδα. Έτσι, η Κρήτη παρέμεινε υπό τη σουλτανική εξουσία με ένα μικρό διάλειμμα μεταξύ 1828 και 1840, όταν παραχωρήθηκε στον Μεχμέτ Αλή της Αιγύπτου, σαν αποζημίωση για τις «υπηρεσίες» του στην Πελοπόννησο.
Το 1840 με την στάση του Αλή κατά του σουλτάνου, η Κρήτη του αφαιρέθηκε για να μην θρέφει τις φιλοδοξίες του. Το 1841 και το 1856 το νησί επαναστάτησε -ξανά- διεκδικώντας ισοπολιτεία χριστιανικού και μουσουλμανικού στοιχείου, κάτι που εν μέρει πέτυχε με τη συμφωνία του Χάττ-ι Χουμαγιούν (1856). Ωστόσο, ο σουλτάνος αθέτησε την υπόσχεσή του και το 1866 (21 Αυγούστου/2 Σεπτεμβρίου) η Κρήτη ήταν ξανά στα όπλα.
Η είδηση της επαναστάσεως βρήκε στήριξη σε Ελλάδα και Ευρώπη αλλά οι συνθήκες δεν ήταν τόσο ευνοϊκές. Οι Μεγάλες Δυνάμεις δεν ήθελαν αλλαγή των ισορροπιών, και μόνο ο νέος τσάρος Αλέξανδρος ο 2ος τάχθηκε υπέρ της, κυρίως επειδή ήταν χολωμένος με τους Αγγλογάλλους από την εποχή του Κριμαϊκού πολέμου, 10 χρόνια πριν.
Οι επαναστάτες κυριάρχησαν γρήγορα στην ύπαιθρο αλλά δεν κατόρθωσαν και πολλά στις οχυρωμένες πόλεις. Οι δυνάμεις τους οργανώθηκαν στο μοναστήρι του Αρκαδίου έξω από το Ρέθυμνο υπό τον ηγούμενο Γαβριήλ Μαρινάκη και τον οπλαρχηγό Χατζημιχάλη Γιάνναρη. Περί τα τέλη Σεπτεμβρίου (αρχές Οκτωβρίου) θα αποβιβαστεί στην Κρήτη ο συνταγματάρχης Πάνος Κορωναίος με τμήμα εθελοντών από την Ελλάδα και θα αναλάβει την αρχιστρατηγία.
Διαβλέποντας ότι το μοναστήρι δεν προσφέρεται για άμυνα, διέταξε την εγκατάλειψή του αλλά η επαναστατική επιτροπή διαφωνούσε. Με 650 περίπου γυναικόπαιδα να έχουν συγκεντρωθεί εκεί και την ισχυρή προσωπικότητα του ηγουμένου η πρότασή του απορρίπτεται. Έτσι ο Κορωναίος κι ο Γιάνναρης έφυγαν για να οργανώσουν τον αγώνα και να συγκεντρώσουν εθελοντές, όταν τουρκικό σώμα 6.000 πεζών, 200 ιππέων και ισχυρού πυροβολικού αποβιβάστηκε στην Κρήτη και κινήθηκε κατά της μονής.
Μετά από κανονιοβολισμό που κονιορτοποίησε το περιτείχισμα και άνιση μάχη με τους 259 ενόπλους υπερασπιστές, οι Τούρκοι πλημμύρισαν το μοναστήρι ξεκινώντας ένα όργιο σφαγής. Την κρίσιμη εκείνη στιγμή, ο Κωνσταντίνος Γιαμπουδάκης ή κατ’ άλλους ο Εμμανουήλ Σκουλάς, συγκέντρωσαν τα γυναικόπαιδα στην παρακείμενη πυριτιδαποθήκη και ανατινάχθηκαν. Μαζί τους κάηκαν και πολλοί Τούρκοι. Ο ηγούμενος Γαβριήλ είχε πέσει την προηγουμένη, πολεμώντας στους προμαχώνες.
Η καταστροφή του Αρκαδίου σήμανε το τέλος της επανάστασης. Αλλά η αυτοθυσία 1.000 περίπου χριστιανών και οι ωμότητες στην υπόλοιπη επαρχία εξέθεσαν την Οθωμανική διοίκηση τόσο, που οι Κρητικοί βρήκαν διεθνή υποστήριξη. Το 1867 με τις εστίες αντίστασης να μην έχουν σβήσει ακόμη, και διαρκή πίεση από την Ευρώπη, ο σουλτάνος απέστειλε τον Μεγάλο Βεζύρη Αλή πασά για να συμφωνήσει καθεστώς ημιαυτονομίας, που επισφραγίστηκε με τον «Οργανικό Νόμο» του 1868.
